Tutoriel - import d'une covariable à partir d'une image

Introduction

Ce tutoriel montre comment construire une covariable à partir d'une image TIF. La covariable sera nommée et pourra être référencée dans la description du modèle ou du processus d'observation.

Pour l'exemple, l'image de départ est :

grippe 52

Projetée sur le maillage, cela donnera :

tuto ImgCovIntro

La suite de cette page décrit comment mener cette étude dans MSE, d'une part via l'interface, d'autre part via un script python.

Description de l'étude

Le répertoire de travail est défini :

toto ImgCov Gen

import os
import mse
MY_OUTPUT_DIR=os.getenv("MSE_OUTPUT_DIR", "/tmp/TUTO")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_OUTPUT_DIR,MY_OUTPUT_DIR)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_MODEL_NBSPECIES,1)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_MODEL_NBPARAMS,1)

Description de la zone d'étude

La création de la covariable est valable pour un maillage donné. Il s'agit ici d'une partie de la France :

tutoImgCovGeo

MY_GEOM_DIR=os.getenv("MSE_GEOM_DIR","/home/usermse/MSE/GEODATA/FRANCE/")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_GEOM_DIR,MY_GEOM_DIR)
mse.setRealParam(mse.MSE_KEY_GEOM_NPERLENGTH,1e-4)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_GEOM_SYM,1)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_GEOM_REVEDGE,0)
mse.buildGeom()
mse.buildDirectories()
os.system("cd "+MY_OUTPUT_DIR+";/opt/freefem++/src/nw/FreeFem++-nw  "+MY_OUTPUT_DIR+"/buildXY.edp")

Choix de l'image à importer

Dans le module "DONNEE", cliquer sur 'Importer une image tif'.

Il sera considéré 5 niveaux de couleurs. La covariable sera nommée 'R1'.

tuto imgcov step1

 

mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_IMAGE_NAME,"/tmp/grippe52.tif")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_RASTERDIR,"/tmp/")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_RASTER_NAME,"R1")
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_N_LEVELS,5)
mse.setIntParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_MAX_DIST,50)
mse.setRealParam(mse.MSE_KEY_IMPORTTIF_RELATIVE_WSIZE_CONVOL,0.05)

Description des zones de couleurs

Pour chacune des 5 couleurs est associée une valeur :

tuto cov img colortuto covImg end

 

mse.importTifSetRGBV(0,0,127,0,0.0)
mse.importTifSetRGBV(1,25,186,0,25)
mse.importTifSetRGBV(2,178,232,0,50)
mse.importTifSetRGBV(3,265,235,0,80)
mse.importTifSetRGBV(4,255,191,0,120)
mse.importTifToRatserPerform()

Visualisation de la covariable

tuto Cov img visu

mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_RASTERDIR,"/tmp/")
mse.setStringParam(mse.MSE_KEY_DATA_ADDCOV,"R1")
os.system("cd /tmp/TUTO/;/opt/freefem++/src/nw/FreeFem++ /tmp/TUTO//showHeterogenCov.edp")